Ulkopoliittista instituuttia johtaa eduskunnan nimittämä hallitus. Siihen kuuluvat EU-asioiden valtiosihteeri Kare Halonen (puheenjohtaja), kansanedustaja Sirkka-Liisa Anttila, kansanedustaja Simon Elo, professori Laura Kolbe (varapuheenjohtaja), professori Ilkka Liikanen, suurlähettiläs René Nyberg, tutkimusprofessori Monica Tennberg, kansanedustaja Lenita Toivakka ja professori Tarja Väyrynen.

Instituutin hallitus päättää mm. instituutin taloudesta ja tutkimusohjelmasta, jota sen tutkijat toteuttavat tieteellisen autonomian periaatteiden mukaisesti. Hallitus myös nimittää instituutin johtajan.

Nykyisistä jäsenistä Halosen, Kolben, Liikasen, Nybergin, Tennbergin ja Väyrysen kausi päättyy 31.12.2019. Anttilan, Elon ja Toivakan kausi päättyy 31.12.2021.