Ulkopoliittisen instituutin toimintaa valvoo ja ohjaa eduskunnan nimittämä hallitus. Instituutin hallitus päättää mm. instituutin taloudesta ja tutkimusohjelmasta, jota sen tutkijat toteuttavat tieteellisen autonomian periaatteiden mukaisesti. Hallitus myös nimittää instituutin johtajan.
Ulkopoliittisen instituutin hallitus 2020-2024
Puheenjohtaja: Klaus Korhonen, suurlähettiläs
toimikausi: 5.2.2024–31.12.2024
Varapuheenjohtaja: Anu Kantola, professori, valtiotieteellinen tiedekunta, Helsingin yliopisto
toimikausi: 01.01.2020–31.12.2024
Jäsenet:
Risto Heiskala, professori, johtaja, tutkijakollegium, Tampereen yliopisto
toimikausi: 01.01.2020–31.12.2024
Ville Kaunisto, kansanedustaja
toimikausi: 1.1.2022-31.12.2026
Kimmo Kiljunen kansanedustaja
toimikausi: 1.1.2022-31.12.2026
Jari Luoto, EU-asioiden valtiosihteeri
toimikausi: 18.12.2023–31.12.2024
René Nyberg, suurlähettiläs
toimikausi: 07.07.2020–31.12.2024
Sakari Puisto, kansanedustaja
toimikausi: 1.1.2022-31.12.2026
Paula Vanninen, professori emerita, Helsingin yliopisto
toimikausi: 01.01.2020–31.12.2024