Ulkopoliittista instituuttia johtaa eduskunnan nimittämä hallitus. Instituutin hallitus päättää mm. instituutin taloudesta ja tutkimusohjelmasta, jota sen tutkijat toteuttavat tieteellisen autonomian periaatteiden mukaisesti. Hallitus myös nimittää instituutin johtajan.
Ulkopoliittisen instituutin hallitus 2020-2024
Puheenjohtaja: Kai Sauer, alivaltiosihteeri, ulkoministeriö
toimikausi: 01.01.2020–31.12.2024
Varapuheenjohtaja: Anu Kantola, professori, valtiotieteellinen tiedekunta, Helsingin yliopisto
toimikausi: 01.01.2020–31.12.2024
Jäsenet:
Sirkka-Liisa Anttila, ministeri, emeritakansanedustaja
toimikausi: 01.01.2017–31.12.2021
Simon Elo, yhteiskuntasuhdepäällikkö, Syöpäjärjestöt
toimikausi: 01.01.2017–31.12.2021
Risto Heiskala, professori, johtaja, tutkijakollegium, Tampereen yliopisto
toimikausi: 01.01.2020–31.12.2024
Mikael Mattlin, professori, valtio-oppi, Turun yliopisto
toimikausi: 01.01.2020–31.12.2024
Lenita Toivakka, kansainvälisten asioiden johtaja, Keskuskauppakamari; maajohtaja, Kansainvälinen kauppakamari (ICC)
toimikausi: 01.01.2017–31.12.2021
Paula Vanninen, professori, Verifin – Kemiallisen aseen kieltosopimuksen instituutti, Helsingin yliopisto
toimikausi: 01.01.2020–31.12.2024
Lauri Voionmaa, pääministerin erityisavustaja, kansainväliset asiat, valtioneuvoston kanslia
toimikausi: 11.2.2021–31.12.2024
