Utrikespolitiska institutet leds av en styrelse som väljs av riksdagen. Styrelsemedlemmar är understatssekreterare Kai Sauer (ordförande), minister och riksdagsledamot emeritus Sirkka-Liisa Anttila, politices kandidat Simon Elo, professor Anu Kantola (vice ordförande), professor Risto Heiskala, docent Mikael Mattlin, Salla Sammalkivi (Statsrådets kansli), ekonomie magister och företagare Lenita Toivakka och professor Paula Vanninen.

Institutets styrelse besluter bl.a. om institutets ekonomi och forskningsprogram. Institutets forskare genomför programmet i enlighet med den vetenskapliga autonomin. Styrelsen utnämner även institutets direktör.

Av de nuvarande medlemmarna kommer Heiskala, Kantola, Mattlin, Sammalkivi, Sauer och Sauer att avsluta sin mandatperiod den 31.12.2024. Mandatperioden för Anttila, Elo och Toivakka upphör 31.12.2021.