Utrikespolitiska institutet leds av en styrelse som väljs av riksdagen. Styrelsemedlemmar är statssekreterare för EU-ärenden Kare Halonen (ordförande), minister och riksdagsledamot emeritus Sirkka-Liisa Anttila, politices kandidat Simon Elo, professor Laura Kolbe (vice ordförande), professor Ilkka Liikanen, ambassadör René Nyberg, forskningsprofessor Monica Tennberg, ekonomie magister och företagare Lenita Toivakka och professor Tarja Väyrynen.

Institutets styrelse besluter bl.a. om institutets ekonomi och forskningsprogram. Institutets forskare genomför programmet i enlighet med den vetenskapliga autonomin. Styrelsen utnämner även institutets direktör.

Av de nuvarande medlemmarna kommer Halonen, Kolbe, Liikanen, Nyberg, Tennberg och Väyrynen att avsluta sin mandatperiod den 31.12.2019. Mandatperioden för Anttila, Elo och Toivakka upphör 31.12.2021.